他们要扣我1200和20%的违约金，这合理吗？

不合理，违约金扣除需依法。根据《合同法》等相关规定，违约金扣除应有明确约定且不得过高，驾校扣除1200及20%违约金可能超出法定范围，不及时处理可能导致权益受损。
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不合理。处理方式如下：1.协商：与驾校沟通，了解扣费明细，要求按合同或法律规定扣除合理费用。2.投诉：若协商无果，向市运管部门反映，请求介入处理，确保扣费合法。3.诉讼：如问题仍无法解决，可准备相关证据，通过法律途径维护自身权益，避免不合理扣费。
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处理方式有协商、投诉、诉讼。建议先与驾校协商，协商不成可向市运管部门投诉，仍无法解决则可考虑诉讼，根据合同约定及法律规定维护权益。